Le cinquième Imam est Muhammad al-Baqir (P). Son père est I'Imam Zayn al-‘Abidin (P) et sa mère est Fatima, fille de l’Imam Hassan. Il naquit le lundi 1e Rajah de l'an 57 de I'Hégire. Son père et sa mère étaient respectivement le petit-fils et la petite-fille de l'Imam Ali Ibn Abi Talib (P). Ainsi, il était le premier à être le descendant de l'Imam Ali Ibn Abi Talib (P) des deux côtés. Il mourut empoisonné le lundi 7 Dhu Hujjah de l'an 114 après l'Hégire à l’âge de 57 ans. Il fut inhumé à Baqi', à Médine.

Il fut un homme avec beaucoup de qualités de grandeur, de révérence et de piété. Il était la quintessence du savoir, de la courtoisie et des dispositions au bien. Il fut humble et généreux. Les récits ci-après sont révélateurs de la qualité de son caractère:

Un jour, un chrétien insulta l'Imam en le traitant de taureau. L'Imam lui répondit: “Je suis al-Baqir (celui qui exhume la connaissance). Le chrétien rétorqua: « Tu es le fils d'un cuisinier. L'Imam répondit: “C’était son travail”. Le chrétien injurieux répliqua: “Tu es le fils d'une mère barbare ». L'Imam lui dit “ Si tu dis la vérité, qu'Allah lui pardonne et si tu as menti, qu'Allah te pardonne». Ayant constaté la grande bonté chez l'Imam, le chrétien se convertit à l'Islam.

Jabir Ibn Abdullah al-Ancari, un compagnon du noble Prophète (P) raconta: « Un jour, j'etais avec le Prophète (P) qui gardait son petit-fils Hussayn sur ses genoux et jouait avec Iui. Le Prophète (P) me dit alors: “Ô Jabir! Ce fils parmi les miens engendrera un fils ayant pour nom Ali. Le Jour du Jugement dernier, un crieur proclamera: ”Laissez le dirigeant des Adorateurs se mettre en avant. Ainsi, Ali, fils de Hussayn s'avancera. Ali fils de Hussayn engendrera un fils qui s’appelera Muhammad. Ô Jabir! Lorsque que tu le rencontreras, transmets-lui mes salutations, après quoi, tu ne vivras pas longtemps.”

L'Imam al-Baqir (P) était un océan de connaissances et pouvait répondre à toute question sans hésitation. Ibn Ata al-Makki dit à ce propos: ”Je n'ai jamais vu de grands savants se sentir aussi inférieurs devant quelqu'un, qu’ils le sont devant l'Imam Muhammad al-Baqir (P), c’est-à-dire, à chaque fois qu'un savant se trouvait devant l'Imam, il sentait en lui-même un manque de connaissances. Ainsi, jai assisté à son entretien avec Hakim Ibn 'Utayba, celui-ci était comme un enfant face à son instituteur”.

Muhammad fils de Muslim relate: « jamais une question ne m'est venue à l'esprit sans que je manque de la poser à l'Imam Muhammad al-Baqir. Jusqu'à ce que le nombre de questions que je lui ai posées ait atteint 30 000”.

Il se rappelait toujours Allah. Son fils, l'lmam Ja'far al-Cadiq (P) raconta: “Mon père se rappelait Allah à tout moment, partout où je l'accompagnais, je le voyais évoquer Allah même lorsqu'il conversait avec les gens, il gardait Allah dans la mémoire. Il accomplissait la prière de Tahajjud (la prière de minuit, elle n’est pas obligatoire mais très recommandée) régulièrement. Il était dévoué à l'adoration d'Allah et pleurait d'amour pour Allah ».